Согласно Уставу НП "РАЭК", Органами управления Ассоциации являются:
Общее собрание членов Ассоциации - высший орган управления Ассоциацией.
Основная функция Общего собрания членов — обеспечение соблюдения Ассоциацией целей, в интересах которых она была создана.
Общее собрание созывается периодично, но не реже чем один раз в год, не позднее 30 июня года, следующего за истекшим. По инициативе лица или органа Ассоциации, направившего требование о созыве Общего собрания членов или Совета Ассоциации, заседание может быть проведено в очной форме с использованием электронных средств связи. При этом определение кворума и результатов голосования производится по правилам, установленным для обычных заседаний.
Совет Ассоциации - постоянно действующий коллегиальный орган управления Ассоциации.
Директор Ассоциации - Исполнительный орган Ассоциации.
Также в Ассоциации могут образовываться дополнительные совещательные органы: